import matplotlib.pyplot as plt

import numpy as np

from Orange.data import Table

from orangecontrib.spectroscopy.data import getx

spectra = in_data.X

energy = getx(in_data) #This is specfic to getting data from Orange data files

fig, ax = plt.subplots()

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ax.plot(energy, spectra[0], 'indigo', linewidth=1.0, label='collagen') #add label='label text' if you want to add a legend

ax.plot(energy, spectra[1], 'darkblue', linewidth=1.0, label='glycogen') #add label='label text' if you want to add a legend

ax.plot(energy, spectra[2], 'blue', linewidth=1.0, label='lipids') #add label='label text' if you want to add a legend

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#add title

title = ax.set_title('Plot: Three Spectra',fontsize='10', loc='left') # location = centre, left, right (default is centre)

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#add axis labels

ax.set_xlabel('Wavenumber / cm$^{-1}$', fontsize='12')

ax.set_ylabel('Absorbance', fontsize='12')

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#set axis limits -->can use to reverse axis for IR spectra

ax.set(xlim=(1850, 850)) #this is the wavenumber region you want to show

ax.set(ylim=(0,1.1)) #this is the absorbance range

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ax.legend() #if you added label text you need this to make a legend

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plt.show() #show plot